عبداللطیف پیش از تالیف کتاب حاضر،نسخه ای از مثنوی را با مقابله با هشتاد دست نویس روزگارش فراهم آورده و نسخه ی ناسخه نامیده است که احتمالا باید آن را اولین تصحیح مثنوی دانست. در واقع لطایف المعنوی من حقایق المثنوی مجموع حاشیه هایی است که او بر نسخه ی ناسخه نگاشته و بعدها آن ها را با اضافاتی در یک اثر جدا جمع کرده است. این اثر او،اولین شرح از سلسله شرح های مثنوی است که در سده های یازدهم و دوازدهم در شبه قاره نوشته شده و تقریبا همه شارحان بعد از او آن را پیش چشم داشته اند.