سال ۱۹۰۱ در بیست و نهمین ولایت امپراتوری رو به زوال عثمانی، جزیرۀ مینگر، طاعون شایع میشود. پادشاه عبدالحمید برای جلوگیری از شیوع طاعون از مینگر به اروپا، سربازرس بهداشت و سلامت، بونکوفسکی پاشا، و پس از او دکتر نوری جوان ولی با تجربه را که به تازگی با برادرزادۀ پادشاه، پاکیزه سلطان، ازدواج کرده، به جزیره میفرستد. پاکیزه سلطان دختر پادشاه قبلی، مراد پنجم، است و کل زندگیاش را در کاخ زندانی بوده؛ به همراه پدر و خواهران و برادر و زنان حرمسرا و حالا برای اولین بار از کاخ بیرون میآید و به همراه همسرش به مینگر میرود. در جزیره، سرگرد جوان و میهنپرستی به نام کامیل که عاشق دختری به نام زینب میشود، با والی جزیره، سامی پاشا، و دکتر نوری همپیمان میشود برای مبارزه با طاعون، سنتهای غلط، خانقاههای عصیانگر، تندروهای مذهبی و آنانی که قدرت علم و ضرورت قرنطینه را باور ندارند. شبهای طاعون حکایت عشق و دلدادگی، کوشش و مبارزه، امیدواری و ناامیدی، میهنپرستی و تلاش برای زنده ماندن در تاریکترین روزهای مینگر است.