امیل پسری یازده ساله است و اتاقک زردرنگ گوشه حیاط را دفتر کارآگاهی خود کرده است و به همراه خواهر کوچکش معماهای پیچیده را حل می کند در این داستان ناخدای یک کشتی که به تازگی در بندر پهلو گرفته است، گم می شود و امیل دست به کار می شود تا روی پرونده گم شدن ناخدا کار کند و راز آن را دریابد کارآگاه خصوصی، امیل در این داستان با ماجراهای مختلفی روبه رو می شود و سخت ترین و پیچیده ترین پرونده دوران کارآگاهی اش را در پیش رو دارد.