داستان "ماجرای عجیب سگی در شب"، با کشته شدن سگی به نام "ولینگتون" در همسایگی خانه "کریستوفر" آغاز می شود. "کریستوفر" نوجوانی با رفتارهای عجیب است. او به سندرم اوتیسم (در خود ماندگی) دچار است و در مدرسه کودکان استثنایی درس می خواند.
کریستوفر به علت این بیماری عجیب و نادر از درک مسائل پیش پا افتاده زندگی ناتوان است، اما هوش خارق العاده ای دارد. برقراری ارتباط با دیگران برای او بسیار سخت است و حتی پاسخ به ساده ترین پرسش های روزمره آنها آزارش میدهد، اما می تواند عدد ۲ را در ذهن خود به توان ۴۵ برساند، معادلات چند مجهولی ریاضی را به سادگی حل کند و در آزمون سطح عالی ریاضی مدرسه پذیرفته شود! او که اعتقاد دارد سگ ها بهتر از انسان ها هستند، تصمیم می گیرد قاتل سگ همسایه را پیدا کند و او را به سزای عملش برساند و در روند کشف این راز، با ماجراهای زیادی رو به رو می شود.