کیمیاگر درباره چوپانی اسپانیایی به نام سانتیاگو است که زادگاهش را در اندلس ترک میکند و به شمال آفریقا میرود تا گنجی مدفون را در حوالی اهرام مصر پیدا کند. در این راه، با زنی کولی، مردی که خودش را پادشاه میداند، و یک کیمیاگر آشنا میشود و عاشق فاطمه، دختر صحرا میشود.
هیچکس نمیداند این گنج چیست و آیا سانتیاگو میتواند بر موانع راهش در صحرا غلبه کند یا نه؟! اما همه این افراد، سانتیاگو را در مسیر جست وجویش هدایت میکنند و این جستوجو به کشف گنجی مبدل میشود که فقط در درون آدمی، میتوان آن را یافت.