در مقدمه چاپ تفسیر فواتح، نوشته شده که سلوک نخجوانی بر پایه طریقه علیه نقشبندیه و بهرهمندی از حضور مشایخ این مکتب عرفانی بوده است.اما با عنایت به تفسیر، تعلق خاطر او بیش از هر کس دیگری به محیالدین بن عربی است… ویژگی عمده تفسیر فواتح را می توان در موارد زیر برشمرد: ۱. روش مولف آن است که تفسیر هر سوره را با «فاتحه=سرآغاز» شروع میکند و با «خاتمه=سرانجام» به پایان میرساند، که اصولا سرآغاز هر سوره دورنمایی از مطالب آن است که برای سالک راه میتواند روشنگر باشد و سرانجام نیز چکیده نتیجهای است که مولف از آن سوره به دست میدهد. افزون بر این مولف می کوشد بین تفسیر «بسم الله الرحمن الرحیم» و مضامین هر سوره پیوندی برقرار کند و از این رو تفسیر «بسم الله الرحمن الرحیم» در هر سوره متفاوت است. ۲.تاویلات و اشارات مولف در برداشت از عبارات و آیات قرآنی، بر خلاف برخی از تفاسیراشاری، حتی برای فهم عادی نیز توجیهپذیر است و تا آنجا که ممکن است، مولف کوشیده است که از تاویلات دور از ذهن بپرهیزد و اگر گاهی از ظاهر لفظ فاصلهای گرفته، آن را با چنان ظرافت ویژهای بیان میکند که بر طبع زبانآشنای مخاطب که از عمق تاثیرات الفاظ قرآنی آگاهی دارد گران نمیآید. ۳.تفسیر فواتح به پیروی از روش عارفان، بر پایه اثبات خویش، و نه نفی دیگران، استوار است. شیخ در تمام تفسیر خود هرگز متعرض برداشت دیگران نمیشود و احیانا به رد آن ها نمیپردازد و به کنایه و تعریض سخنی به میان نمیآورد. ۴.از حیث زبانی، گرچه روش مولف بر آن است که بدون رجوع به متون تفسیری، آنچه را که خدا بر او گشوده است به قلم آٰرد، اما ملاحظه می شود که اندوختههای علمی پیشینی او در شرح تک واژگان و گزارهها کاملا مشهود است، جز در اندک مواردی متعرض نکات صرفی، نحوی و لاغی نشده است، مگر آنکه بیان نکتهای در فهم سر راست عبارت نقش داشته باشد. شرح مختصر عبارات و مفردات نیز از درونمایهای عاطفی و عرفانی برخوردار است. ۵.نثر تفسیر نثری فصیح و ادبی با رعایت اقتضای مقامات بیان است و سعی شده تا روح این نثر در ترجمه نیز حفظ شود.