داستان کتاب بین تخیل و واقعیت در رفت و آمد است. برای قهرمان داستان در شهر قونیه و در نزدیکی مقبره مولانا و حتی در «آق شهر» شهر «ملا نصر الدین» که در فرهنگ عربی مشهور به «جحا» است اتفاقاتی میافتد که متوجه نمیشود در خواب برای او افتاده یا در واقعیت. به عبارتی این رمان تلفیقی از واقعیت و خواب است. قهرمان داستان در ابتدا از استانبول به قونیه سفر میکند و در طی مسیر هم برایش اتفاقاتی جالب رخ میدهد. ولی بیشتر داستان حول و حوش کیمیا دختر مولوی است و تلاش زیاد قهرمان برای بیرون کشیدن چیزی درباره کیمیاست. آخر سر هم بدون آنکه چیزی از کیمیا پیدا کند همانطور که به ترکیه با هواپیما آمده بود با هواپیما به دبی برمیگردد. قهرمان کتاب برای یافتن اثری از کیمیا کتابهای زیادی را مطالعه میکند و با آدمهای زیادی از جمله یک نویسنده ایرانی هم تماس برقرار میکند تا شاید در حافظه مردمی ایرانیها چیزی پیدا کند ولی در این امر هم ناکام میشود.
او همچنین در خواب و بیداری از زبان علاء الدین ولد پسر مولانا سخن میگوید و ماجراهایی که با حضور شمس و ازدواجاش با کیمیا رخ داده را نیز در کتاب میآورد. نویسنده در رمان کیمیا برخلاف رمانهایی که تاکنون درباره این شخصیت نوشته یا ترجمه شده است کیمیا را قربانی دوستی و علاقه مولانا به شمس معرفی میکند، مولانا برای حفظ ارتباطش با شمس کیمیای کم سن و سال را به شمس هبه میکند (به همسری او در میآورد). بر خلاف رمانهای دیگر درباره کیمیا، در این رمان کیمیا یک قربانی است.